Pada tanggal 21 Februari 2008 terjadi banjir di Kelurahan Lilia, Kecamatan Oebobo, Kota Kupang. Kemudian anggal 20 - 21 Februari 2008 terjadi banjir dengan ketinggian air 75 cm di Kecamatan (Desa Mata Air, Desa Oebelo dan Desa Noelbaki), Kecamatan Kupang Timur (Kel. Oesao, Kel. Naibonat, Kel. Merdeka, Desa Babau, Desa Oelatimo, Desa Oesao, Desa Tuapukan, Desa Manusak, Desa Tanah Putih dan Desa Oesafi), Kecamatan Fatulen (Desa Camplong I dan Desa Camplong II) dan Kecamatan Takari (Desa Noelmina dan Desa Oesusu). Jumlah penduduk yang beresiko adalah sebanyak 50.345 orang. Selanjutnya Tanggal 21 Februari 2008 terjadi banjir di Desa Oeboto, Kecamatan Batuputi, Kabupaten Timor Tengah Selatan. Banjir terjadi karena meluapnya Sungai Noelmina dan mengakibatkan 81 unit rumah, 78 unit jamban keluarga dan 53 unit sumur gali terendam air.
Korban meninggal sebanyak 2 orang di Kota Kupang. Tidak dilaporkan adanya korban luka berat maupun pengungsian. Korban luka ringan sebanyak 4 orang di Kabupaten Timor Tengah Selatan. Adapun fasilitas kesehatan yang terendam air di Kabupaten Kupang yaitu 1 unit RSUD Kabupaten Kupang di Naibonat dan 1 unit Puskesmas Oesao di Kecamatan Kupang Timur.
Jajaran Kesehatan setempat telah mengevakuasi korban, mendirikan Pos Kesehatan dan memberikan pelayanan kesehatan, melakukan monitoring terhadap penyakit-penyakit berpotensi KLB, serta memantau kebutuhan obat-obatan/logistik di lokasi banjir. Dinas Kesehatan Kabupaten Timor Tengah Selatan juga telah membagikan pompa membran sebanyak 1 unit per RT untuk pengolahan air minum.
Saat ini permasalahan Kesehatan masih dapat diatasi oleh jajaran kesehatan setempat namun pemantauan tetap dilakukan oleh Dinas Kesehatan Kota Kupang, Dinas Kesehatan Kabupaten Kupang, Dinas Kesehatan Provinsi Nusa Tenggara Timur dan Pusat Penanggulangan Krisis Depkes.
