Pusat krisis kesehatan berupaya meningkatkan kapasitas daerah dalam manajemen penanggulangan krisis kesehatan yang diawali dengan assessment kapasitas, mengidentifikasi ancaman krisis kesehatan, kerentanan, kapasitas sumber daya kesehatan sehingga dapat dinilai besarnya risiko krisis kesehatan di kab/kota tersebut. Serta melakukan advokasi dalam pembentukan klaster kesehatan di daerah.
Assessment kapasitas dilaksanakan tanggal 5-9 Februari 2018 di Provinsi Yogyakarta, Kab. Bantul dan Kab. Sleman. Provinsi Yogyakarta selain kaya akan wisata alam dan budaya, juga memiliki pengalaman bencana yang banyak antara lain erupsi gunung merapi yang terjadi pada 2010 dan gempa Bantul pada 2006. Sehingga menjadi salah satu target kab/kota yang yang akan di Assessment oleh Pusat Krisis Kesehatan. Assessment dilakukan menggunakan metode pengisian kuisioner, wawancara serta diskusi ke dinas kesehatan provinsi/kabupaten/kota, RSUD dan puskesmas.
Pada 6 Februari 2018 tim dari Pusat Krisis Kesehatan terdiri dari dr. Al Gozali Samapta, MARS, Adithya Raja Manggala, M.PsiT dan Setyo Pratono, SE serta dari Universitas Gajah Mada (UGM) yang di wakili oleh dr. Bella Donna, M.Kes melakukan wawancara dengan Kepala Seksi Kesehatan Rujukan dan Kesehatan Khusus Dinkes Provinsi Yogyakarta dr. Anung Trihadi, MPH didampingi oleh staf Kudiana, M.Sc. dilanjutkan dengan wawancara ke Dinkes Kota Yogyakarta dr. Okto Heru Santosa kepala seksi pelayanan kesehatan khusus kemudian ke RSUD Kota Yogyakarta.
Assessment berikutnya dilakukan di kabupaten Sleman dengan mengunjungi dinas kesehatan, RSUD Sleman dan puskesmas Cangkringan. Berikutnya mengunjungi kabupaten Bantul, yang menarik dari kabupaten Bantul adalah bahwa kabupaten ini sudah memiliki atau membentuk klaster kesehatan melalui Surat Keputusan Kepala Dinas Kesehatan dan juga Surat Keputusan pembagian wilayah tugas dan jaringan bantuan jika terjadi bencana.